"ชินจิ" ที่ถูกพ่อเรียกตัวมาอย่างกะทันหันได้มาถึง "เนิร์ฟ" หน่วยงานพิเศษ สังกัดสหประชาชาติ ที่ตั้งอยู่ในเมืองโตเกียวใหม่ที่ 3 เขาได้เป็นนักบินเอวานเกเลียน อาวุธเผด็จศึกในรูปแบบมนุษย์ที่ไม่จำกัดรูปทรง การต่อสู้กับ "เทวทูต" ที่มาจู่โจมระลอกแล้วระลอกเล่า โดยไม่รู้สาเหตุแน่ชัดนั้น มันหนักหน่วง น่ากลัว และสร้างความเครียดให้กับเด็กหนุ่มเกินไป

    แต่ในขณะเดียวกันก็ทำให้ความคิดของชินจิที่สนใจแต่ตัวเอง มุ่งไปยังคนที่เกี่ยวข้องด้วย แต่สุดท้ายชินจิก็พบบันทึกของมิซาโตะผู้ดูแล เขาจึงปิดกั้นตัวเองอีกครั้ง ชินจิหนีออกจากเนิร์ฟเพราะถูกดุด่า เนื่องจากไม่ฟังคำสั่งผู้บังคับบัญชา แต่แล้ว เขาก็สัมผัสได้ถึงความจริงใจของ "มิซาโตะ" และกลับสู่เนิร์ฟ เป็นนักบินขับเอวาด้วยความตั้งใจของเขาเอง!

Stage.13 รอยแผลสีขาว
Stage.14 ห้องที่บิดเบี้ยว
Stage.15 ความเชื่อในดวงตาสีแดง
Stage.16 ความทรงจำที่ละทิ้ง
Stage.17 คืนก่อนเผด็จศึก
Stage.18 สงครามเลือด
Stage.19 ดวงจันทร์ท่ามกลางความมืด