"ทรีชา เอลริค" หญิงวัยกลางคนได้เสียชีวิตด้วยโรคร้าย ทำให้ลูกชาย 2 คนของเธอคือ "เอ็ดเวิร์ด" และ "อัลฟอนส์เซ่" ไม่อาจทนที่จะมีชีวิตอยู่โดยไม่มีเธอได้ จึงตัดสินใจใช้วิชาแปรธาตุในการ "ชุบชีวิตมนุษย์" ซึ่งถือเป็นวิชาต้องห้ามของการเล่นแร่แปรธาตุ เพื่อคืนชีวิตให้กับแม่ของตน ทว่าการทดลองเกิดผิดพลาดและให้ผลหายนะอย่างใหญ่หลวง

    เอ็ดเวิร์ดสูญเสียขาซ้ายกับแขนขวาในขณะที่อัลฟอนส์เซ่สูญเสียร่างกายทั้งหมด แต่เอ็ดเวิร์ดก็ได้ใช้วิชาการเล่นแร่แปรธาตุผูกมัดร่างของอัลไว้ในชุดเกราะ แล้ว 2 พี่น้องก็เริ่มออกเดินทางเพื่อนำสิ่งที่พวกเขาสูญเสียไปกลับคืนมา การเดินทางที่ทำให้พวกเขาได้ทั้งเพื่อนใหม่และเผชิญหน้ากับศัตรูมากมาย การเดินทางที่เต็มไปด้วยการต่อสู้ ความเจ็บปวดและยากลำบาก พวกเขาจะเอาตัวรอดและนำสิ่งที่สูญเสียไปในคืนวิปโยคนั่นได้หรือไม่?

ตอนที่ 92 พลังของทุกคน
ตอนที่ 93 ศัตรูที่ไม่อาจอยู่ร่วมโลก
ตอนที่ 94 เพลิงแห่งการล้างแค้น
ตอนที่ 95 เบื้องหน้าของเปลวเพลิง

- ตอนพิเศษ แขนกลคนแปรธาตุ
- สำหรับเครื่อง Wii -เจ้าชายแห่งรุ่งอรุณ- Prologue