การวินิจฉัยอำนาจหน้าที่ระหว่างศาลนี้เป็นไปตาม พ.ร.บ.ว่าด้วยการวินิจฉัยชี้ขาดอำนาจหน้าที่ระหว่างศาล พ.ศ.2542 ซึ่งกำหนดให้มีคณะกรรมการวินิจฉัยชี้ขาดอำนาจหน้าที่ระหว่างศาลคณะหนึ่ง ประกอบด้วย ประธานศาลฎีกาเป็นประธานกรรมการ ประธานศาลปกครองสูงสุด หัวหน้าสำนักตุลาการทหาร และผู้ทรงคุณวุฒิอื่นอีกสี่คนเป็นกรรมการหลังจากศาลปกครองได้เปิดทำการเมื่อวันที่ 9 มีนาคม 2544แล้ว ก็มีการส่งเรื่องความเห็นที่แตกต่างกันของศาลปกครองและศาลยุติธรรมในเรื่องเขตอำนาจศาล เกี่ยวกับคดีที่อยู่ในระหว่างการพิจารณาของศาลใดศาลหนึ่ง ไปให้คณะกรรมการวินิจฉัย ชี้ขาดว่าคดีดังกล่าวอยู่ในเขตอำนาจของศาลใดศาลหนึ่งดังกล่าว ไปให้คณะกรรมการวินิจฉัยชี้ขาดว่าคดีดังกล่าวอยู่ในเขตอำนาจหน้าที่ของศาลปกครองหรือศาลยุติธรรม ซึ่งในปี พ.ศ.2544 คณะกรรมการวินิจฉัยชี้ขาดอำนาจหน้าที่ระหว่างศาลได้มีคำวินิจฉัยชี้ขาดรวม 7 เรื่อง และในปี พ.ศ. 2545 ได้มีคำวินิจฉัยชี้ขาดรวม 34 เรื่อง ซึ่งผู้รวบรวมได้รวบรวมคำวินิจฉัยดังกล่าวโดยละเอียดมาไว้ในหนังสือแล้ว

-เขตอำนาจศาลเกี่ยวกับ พ.ร.บ.การเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาล พ.ศ. 2482 มาตรา 57 และ 58 วรรคหนึ่ง
-เขตอำนาจศาลเกี่ยวกับ พ.ร.บ.จัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารนาคดีปกครอง พ.ศ. 2542 มาตรา 2 และ 9 วรรคหนึ่ง
-เขตอำนาจศาลเกี่ยวกับ พ.ร.บ.สภาตำบลและการบริหารส่วนตำบล พ.ศ.2542 มาตรา 25 วรรคหนึ่ง ประกอบกับ พ.ร.บ.การเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาล พ.ศ. 2482 มาตรา 57 และ 58 วรรคหนึ่ง
-เขตอำนาจศาลเกี่ยวกับ พ.ร.บ.สภาตำบลและการบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2542 มาตรา 25 วรรคหนึ่ง ประกอบกับ พ.ร.บ.การเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาล พ.ศ. 2482 มาตรา 57 และ 58 วรรคหนึ่ง
-เขตอำนาจศาลเกี่ยวกับ พ.ร.บ.สภาตำบลและการบริหารส่วนตำบล พ.ศ. 2542 มาตรา 25 วรรคหนึ่ง ประกอบกับ พ.ร.บ.การเลือกตั้งสมาชิกสภาเทศบาล พ.ศ. 2482 มาตรา 57 และ 58 วรรคหนึ่ง
-ฯลฯ